有機認證是由一個獨立第三者「有機認證機構」發出，由生產者或加工者向「有機認證機構」提出申請。
在有機認證的發展初期，不少認證機構都是由民間團體或農民自發成立。隨著有機發展愈趨成熟，部份國家如美國、日本，已有法例規管「有機」的聲稱，亦有規管「有機認證機構」。
認可認證的機構，除了是按國家法例或國際間政府的協定成立外(例如歐盟)，亦有由民間團體如International Federation of Organic Agriculture Movements (IFOAM)充當這角色。
現時香港並沒有相關法例，現由民間自發成立的獨立「有機認證機構」製訂標準、處理有機認證申請及頒發有機認證證書。
以下是香港市面上常見的有機認證及認可標籤：
香港有機資源中心(中國香港)
Soil Association (英國)
Australian Certified Organic (澳洲)
南京國環有機產品認證中心(中國)
Bio-Siegel (德國)
EU Organic Bio (歐盟)
JAS(日本)
USDA Organic (美國)
中國有機產品認證中心 (中國)